Helse Sør-Øst RHF har som eier av prosjektet etablert en egen prosjektorganisasjon for å ivareta ansvaret med å planlegge, gjennomføre og bygge de nye sykehusene, frem til sykehusene er klare for overlevering til Oslo universitetssykehus HF.
Helse Sør-Øst RHF har leid inn ressurser fra Sykehusbygg HF til styring og ledelse av prosjektorganisasjonen. Prosjektene koordineres og ledes av prosjektdirektør, Dag Bøhler. Prosjektet for nytt klinikk- og protonbygg (PRAD) ledes av en prosjektsjef i linje under prosjektdirektøren.

Organisasjonskart prosjekt nytt klinikk- og protonbygg (PRAD)
Prosjektstyre
Helse Sør-Øst RHF har oppnevnt et eget prosjektstyre (PS) med ansvar for å gjennomføre prosjektet i tråd med de rammer og forutsetninger som er lagt til grunn av styret i Helse Sør-Øst RHF. Prosjektstyret rapporterer til styret i Helse Sør-Øst RHF via administrerende direktør.
Prosjektstyret er gitt et eget mandat fra styret i Helse Sør-Øst RHF. Prosjektstyret består av følgende medlemmer:
Morten Reymert - prosjektets styreleder (viseadministrerende direktør Oslo universitetssykehus HF)
Sigbjørn Smeland (klinikkdirektør kreft, Oslo universitetssykehus HF)
Anne-Hilde Bråtebæk (direktør bygg- og eiendom, Helse Sør-Øst RHF)
Mona Stensby (direktør stab, Helse Sør-Øst RHF)
Dagne Hordvei (ekstern)
Tom Helge Rønning (administrerende direktør, Sykehuset Telemark)
Therese Hegedal (ansattvalgt)
Per Oddvar Synnes (prosjektverneombud)
Tove Nakken (brukerrepresentant)
Samhandling
Det er etablert en egen samhandlingsstruktur for å sikre et strukturert samarbeid mellom prosjektorganisasjonen og Oslo universitetssykehus HF gjennom hele prosjektfasen. Samhandlingen skjer på alle nivåer mellom prosjektorganisasjonen og Oslo universitetssykehus HF.